BAZNAS Kota Yogyakarta 
dalam mengelola Zakat, Infak, Shodaqoh dan Dana Sosial Keagamaan Lainnya sesuai dengan tuntunan syar'i dan regulasi, dengan prinsip-prinsip tata kelola yang amanah, profesional, transparan dan akuntabel, Serta memenuhi dan mempertahankan kepuasan Muzaki dan Mustahiq dengan mengimplementasikan sistem manajemen mutu ISO 9001 secara konsisten dan melakukan perbaikan terus menerus.